Las masas de agua dulce podían encontrarse en la superficie de todos los continentes del período paleógeno. Incluso en la Antártida existían lagos y ríos, ya que durante la mayor parte del período el continente meridional estuvo libre de hielo, e incluso al final del período paleógeno quedaban en la Antártida regiones libres de glaciares.

Por supuesto, en distintas zonas climáticas y en diferentes rincones de la Tierra, las masas de agua dulce diferían notablemente. Pero también existían rasgos comunes.

Desde la segunda mitad del período cretácico hasta nuestros días, la base de los matorrales vegetales de lagos y ríos está formada por hierbas acuáticas: plantas angiospermas como Baibiancarpus y Groenlandia. Entre las plantas paleógenas aparece, por ejemplo, Limnophila, muy popular en la acuariofilia moderna. Naturalmente, las cianobacterias de agua dulce, las algas, los equisetos y los helechos no desaparecieron, pero su papel en el entorno se volvió notablemente menor.

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